EL FACTOR GENÉTICO PREDOMINA EN EL CURSO CLÍNICO DE QUIENES SE CONTAGIAN CON EL SARS-CoV-2

· Es una de las conclusiones del estudio auspiciado por la SECTEI y encabezado por el doctor Carlos Arias Ortiz, del Instituto de Biotecnología de la UNAM

No se ha encontrado correlación entre las variantes del virus SARS-CoV-2 y la severidad con que se presenta la enfermedad, más bien es el contexto genético de cada persona y los factores demográficos los que tienen mayor incidencia en el curso clínico, expuso el doctor Carlos Arias Ortiz, del Instituto de Biotecnología (IBt) de la UNAM, tras concluir una investigación sobre la epidemiología genómica del SARS-Cov-2 en México, auspiciada por la Secretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación (SECTEI).

El análisis del doctor Arias ha implicado más de 20 mil secuencias del genoma del virus, que tampoco ha encontrado relación entre la variante presente y el estatus de vacunación.

Hoy, términos como SARS-CoV-2, Alfa, Beta, Gamma, Delta y Omicrón, así como la información relacionada con ellos son prácticamente del dominio de la población, pero al inicio de la emergencia sanitaria era urgente dar respuesta a un cúmulo de preguntas del público, de las autoridades y de la ciencia para contener el impacto del contagio en la salud pública mundial.

Varias de esas preguntas se hicieron en el ámbito científico y muchas de ellas se respondieron con la tecnología de secuenciación genómica, que sirvió para conocer información del virus y rastrear su evolución y variantes. Esta segunda parte no es una cuestión menor, por el contrario, ha permitido abordar preguntas de relevancia clínica y ofrecer datos para la toma de decisiones.

Por ejemplo, desde el principio de la pandemia en nuestro país, en marzo de 2020, hubo manifestaciones clínicas muy diferentes en la población, desde contagios asintomáticos, síntomas leves, moderados, diversas afectaciones, hospitalizaciones y, al final, fallecimientos.

En México, parte de esas respuestas las proporcionó y aún lo hace el Consorcio Mexicano de Vigilancia Genómica formado por el IMSS, INER, IBt-UNAM, Langebio-Cinvestav, de forma más reciente el CIAD-Sinaloa, y en un inicio también el InDRE.

Bajo esta colaboración, el virólogo Arias Ortiz, investigador del IBt encabezó el proyecto epidemiológico financiado por la SECTEI.

Su objetivo fue vigilar la evolución del virus y su dispersión en el territorio nacional entre junio de 2020 y mayo de 2022, para identificar las variantes predominantes, así como el surgimiento de aquellas resistentes a antivirales en uso o que pudieran evadir la respuesta inmune inducida por las vacunas, a fin de tener un entendimiento más completo de la evolución de la pandemia en nuestro país.

"El primer trabajo que hicimos fue identificar de dónde venían los virus que llegaron inicialmente a nuestro país y se hizo a través de la secuenciación del genoma viral. Así se determinó que provinieron de Estados Unidos y Europa a través de viajeros, y que los primeros casos de transmisión se dieron muy pronto en marzo, cuando incluso había dudas de si ya circulaba el virus en el país”.

En el primer año de la pandemia (2020) el trabajo reportó cuáles fueron las variantes que dominaron la dinámica de la evolución. Se encontró la asociación de variantes particulares con cada una de las olas que se han registrado en todo el país, donde se han presentado las de preocupación reconocidas por la OMS (Alfa, Beta, Gamma, Delta y Omicrón) y las consideradas de interés, como Lambada y Mu.

En la primera ola dominó la variante B.1.1.222. A partir de noviembre de 2020 se presentó una particular de México, que luego llegó a ser la preponderante hasta febrero de 2021, la B1.1.519, minoritaria en otras partes del mundo. La descripción de la tercera ola se asoció con Delta, la cuarta con Omicrón (B.1.1.529) y ahora, con una variante de ésta, lo que se ha reconocido como la quinta ola.

“De no ser por trabajos de este tipo, no se hubiera entendido qué fue lo que causó la segunda ola”, que es la que más muertes ha provocado, por ejemplo, subrayó el doctor Arias.

A partir de la evaluación del desenlace clínico de pacientes infectados con SARS-COV-2 y la posible relación con la presencia de distintas variantes, se encontró una gran diversidad genómica comparada con la variante original de Wuhan, China.

Asimismo, la investigación pudo caracterizar la dinámica y evolución de la variante Alfa, la cual no tuvo el éxito de dispersión presentado en Europa y Estados Unidos. Además, se secuenció el genoma viral de pacientes infectados por SARS-COV-2 en los institutos nacionales de Enfermedades Respiratorias, Cancerología y Cardiología, con la intención de hallar variantes que infectan a individuos ya vacunados, y no se encontró correlación alguna entre la variante presente y el estatus de vacunación.

En opinión del doctor Arias, más allá del avance que se ha tendido en ciencia básica al conocer la evolución del virus, está el interés de identificar nuevas mutaciones que pudieran alterar algunas de sus características biológicas o de patogenicidad.

Por ejemplo, que lo pudieran hacer más infeccioso o causar afectaciones más severas con mayor mortalidad. También, que tuvieran consecuencias con mayor predominancia en poblaciones particulares, como la infantil; o que escape a la respuesta inmune generada por las vacunas, “es lo que hemos hecho al seguir la evolución desde un inicio”.

Hasta el momento, el científico de la UNAM informó que junto con su equipo han publicado siete artículos derivados de esta investigación.

“Hemos identificado las diferentes variantes que se han generado, algunas en el país y otras fuera de él, cómo se han dispersado en los estados, cómo han estado presentes en diferentes poblaciones con picos de actividad. Hemos visto que las variantes de preocupación han llegado a nuestro país, principalmente, a través de puertos turísticos, particularmente de Baja California Sur y Quintana Roo".

Pero ¿cómo fue el camino en el laboratorio? A decir del doctor Arias Ortiz “complicado”, enfocado a la tecnología de secuenciación, luego al análisis bioinformático de los datos obtenidos en el proceso de secuenciación y su sistematización para identificar en las muestras que se analizaron por meta genómica, las secuencias virales de interés entre secuencias de origen humano, bacterias, fagos (virus de bacterias) y otros virus de eucariontes.

Durante el proceso se generaron para cada muestra 10 millones de secuencias pequeñas de nucleótidos, unidades que forman los ácidos nucleicos de un genoma.

Dentro de estos millares se buscaron las secuencias que correspondieran a SARS-CoV-2, luego se les unía para integrar los genomas completos del virus, formados por 30 mil nucléotidos, y se compararon con la base de datos internacional GISAID, referencia para todos los científicos en el mundo.

El compromiso que se hizo con el apoyo de la SECTEI fue analizar mil muestras de personas positivas a COVID-19, esperando tener una eficiencia de 50 por ciento en la obtención del genoma completo del virus, es decir, se obtendría la secuencia de 500 genomas virales; luego se cambió la metodología, se afinó, disminuyeron los costos y se sumaron apoyos de otras instancias. “En la actualidad, el Consorcio ha sobrepasado ese compromiso, ya que han reportado más de 20 mil secuencias del genoma del virus”.

Se observó que estos virus pueden mutar más rápido de lo que se esperaba, no por la propia naturaleza del patógeno, sino por la enorme población que se ha infectado, permitiendo una extensa replicación en el mundo.

Para Arias Ortiz, las variantes han sido detectadas rápidamente, cuando son o empiezan a ser resistentes a la inmunidad generada por las vacunas, como Alfa, Delta y Omicrón, que de súbito aparecieron con muchas mutaciones, más de las esperadas, lo que aún no está claro es cómo ocurre.

Por ejemplo, Omicrón, por el número de mutaciones, se calcula que circuló un año sin ser detectada; no se sabe si se albergó en un animal donde replicó y luego regresó a los humanos, o se generó en personas inmunodeficientes, que cuando se infectan permiten que se siga reproduciendo por meses, mucho más de una o dos semanas, lo usual en personas sanas.

Lo que sí debe seguir es el estudio de las variantes que circulan en el país, porque las vacunas se generaron con la secuencia genómica original del virus, de enero-febrero de 2020, y aunque hasta ahora han sido más o menos eficientes para proteger contra enfermedad severa y muerte, sigue replicándose en el mundo, lo que permite nuevas versiones que cada vez se alejan más genéticamente del virus original y que pueden hacer que las vacunas actuales ya no sean efectivas.

Con este trabajo, de acuerdo con el investigador del IBt-UNAM, el Consorcio contribuyó con un tercio de las secuencias generadas en México, y añadió que el otro tercio fue del Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN), el tercio restante del Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos (InDRE), además de aportaciones menores de otras instituciones.